Алтайский государственный медицинский университет (до 1994 года Алтайский государственный медицинский институт) был создан в 1954 году для подготовки местных врачебных кадров в г. Барнауле.
1 октября 1954 года первые 250 студентов лечебного факультета (70% из них жители Алтая) приступили к занятиям. Для организации кафедр и учебного процесса приказом МЗ СССР во вновь открытый институт направлялись опытные преподаватели из других вузов страны (Ленинград, Куйбышев, Горький, Саратов и др.).
В 1960 году состоялся первый выпуск врачей-лечебников. Край получил 194 врача.
В 1966 году открытие педиатрического факультета, первый выпуск которого состоялся в 1972 году.
В 1975 году институт пополнился еще одним факультетом - фармацевтическим, первый выпуск которого состоялся в 1980 году.
В 1986 году открыт факультет повышения квалификации, к 1993 году сформирован Центр последипломного обучения. С 2001 года на кафедре Общественного здоровья и здравоохранения начал функционировать сертификационный курс ФПК для организаторов здравоохранения.
В 1990 году принял первых студентов стоматологический факультет, дав краю в 1995 году первых алтайских врачей-стоматологов. С 1993 года в вузе начали обучаться студенты из Индии, Сирии, Афганистана и других стран. Самый молодой факультет в АГМУ - медико-профилактический принял первых студентов в 2001 году.
В 1994 году институт получил статус университета.
настоящее время в АГМУ 6 факультетов, 61 кафедра и самостоятельные курсы, 7 учебных и учебно-лабораторных корпусов, стоматологическая клиника, 2 общежития, 2 оздоровительных лагеря. В рамках профориентации среди школьников систематически проводятся конкурсы, олимпиады по предметам, создан хозрасчетный центр "Рост".