Авиакомпания "Московские авиалинии" создана в 1991 году в Международном аэропорту Шереметьево.
Свидетельство эксплуатанта получено 27.01.1993 г. № 119.
Среди направлений авиакомпании к 1993 г. Шарджа (Объединенные Арабские Эмираты) и Джидда (Саудовская Аравия), откуда "Московские авиалинии" отправляли мусульман, возвращаюхся из паломничества.
Авиакомпания «Московские авиалинии» с 1993 по 1996 годы эксплуатировала Ил-76TD (бортовой номер РА-76498), построенный в 1982 году, а также летал Ту-154М (RA-85681), перевозивший пассажиров на чартерные рейсы от Международный аэропорт Шереметьево; оба самолета ранее принадлежали Аэрофлоту. В 1993 году авиакомпания заказала пятьдесят Бе-32ПС. Они так и не были построены и доставлены.
Авиакомпания прекратила свою деятельность в 1996 году после несчастного случая со смертельным исходом в Африка в результате чего погибло около 300 человек.
8 января 1996 г. самолёт Ан-32 (RA-26222), с экипажем а/к «Московские воздушные линии», командир — Н. Казарин, выполнял полеты по договору лизинга с местной авиакомпанией African Air в Республике Заир. В день происшествия, днем в ПМУ, выполнялся грузовой рейс по перевозке продуктов питания и товаров народного потребления из а/п Ндоло (Киншаса). Кроме экипажа на борту находился гражданин Украины и сопровождающий груз гражданин Заира. Перегруженный «Ан» по вине экипажа не смог набрать высоту. Действия экипажа по прекращению взлета не предотвратили выкатывания самолета за пределы ВПП и аэродрома. Следы торможения на ВПП отсутствуют. Аэродром не имеет ограждения со стороны выходного торца ВПП. Сразу за ВПП, перпендикулярно её оси, проходит дренажная канава, затем шоссе и за ним начинается городской рынок. В процессе выкатывания самолет ударился о бруствер дренажной бетонной канавы, выехал на территорию рынка, расположенного в створе ИВПП, продвинулся по торговым рядам около 240 м и загорелся от столкновения с рыночными постройками. Бортмеханик самолета погиб, остальные находившиеся на борту лица получили травмы.
В результате катастрофы, по сведениям Красного Креста, на земле погибло 297 человек и ещё 253 получили телесные повреждения различной степени.
Загрузку самолета выполняла авиакомпания African Air в отсутствии экипажа и без учета особенностей самолета. По расчетам, взлетная масса составляла 29200-34000 кг, то есть превышала максимально допустимую 27000 кг.
Свидетельство эксплуатанта было приостановлено, а 07.02.1997 г. аннулировано.