Айдын Аимбетов родился 27 июля 1972 года в селе Заря Коммунизма (ныне с.Отенай) Талдыкурганского района Талдыкурганской области, ныне Алматинской области Республики Казахстан. В 1989 году окончил среднюю школу №20 в городе Талдыкорган.
В 1989 году поступил и в 1993 году окончил Армавирское высшее военное авиационное училище с присвоением квалификации «летчик-инженер».
С мая 1993 года А.Аимбетов служил в рядах Вооруженных сил Республики Казахстан. Им освоено 4 типа самолетов (Л-39, Миг-23, МиГ-23МЛД, Миг-27, Су-27), имеет налет более 470 часов, выполнил более 360 прыжков с парашютом, является инструктором парашютно-десантной подготовки. Офицер-водолаз.
Первое заявление для вступления в отряд космонавтов Айдын подавал в 1993 году. Повторное заявление в отряд космонавтов было подано 5 мая 2001 года. Летом 2002 года в рамках реализации российско-казахстанской договоренности в проведении совместного космического полета А.Аимбетов прошел медицинскую комиссию в ИМБП в Москве.
9 ноября 2002 года на заседании Межведомственной комиссии при Правительстве Республики Казахстан по отбору кандидатов в космонавты Республики Казахстан (МКПК) с участием российских представителей А.Аимбетов был рекомендован для включения в отряд космонавтов Республики Казахстан.
17 декабря 2002 года А.Аимбетов прошел Главную медицинскую комиссию (ГМК) и получил допуск к спецтренировкам.
29 мая 2003 года решением Государственной межведомственной комиссии (ГМВК) Росавиакосмоса было принято решение о начале подготовки А.Аимбетова в составе группы российских кандидатов в космонавты. С 16 июня 2003 года А.Аимбетов начал проходить общую космическую подготовку (ОКП) в РГНИИ ЦПК. По завершении ОКП 28 июня 2005 года он сдал государственные экзамены в ЦПК с оценкой «отлично».
Решением Межведомственной квалификационной комиссии (МВКК) 5 июля 2005 года ему была присвоена квалификация «космонавт-испытатель». В период 2005-2009 годов он продолжал подготовку в группе по программе полета на Международную космическую станцию (МКС). В октябре 2008 года после начала переговоров между Роскосмосом и Казахстаном о полете казахстанского космонавта на корабле «Союз» осенью 2009 года рассматривался как кандидат в члены основного экипажа.
Полёт планировался на 30 сентября 2009 года.
В космос на "Союз ТМА-16" тогда полетел Седьмой космический турист Ги Лалиберте́ (фр. Guy Laliberté. Полёт на МКС состоялся 30 сентября 2009 года (экспедиция МКС-21).
С марта 2011 года он работал в ДТОО «Институт космических исследований имени Султангазина» АО «Национальный центр космических исследований и технологий» Казкосмоса в должности заместителя начальника отдела информационно-образовательного обеспечения космических технологий.
С апреля 2014 года А.Аимбетов является заместителем директора ДТОО «Институт космической техники и технологий» АО «Национальный центр космических исследований и технологий» Казкосмоса.
С весны 2012 года А.Аимбетов преподает в Школе юных космонавтов во Дворце школьников в городе Астане, руководит кружком «3D моделирования». 12 октября 2012 года постановлением Правительства Республики Казахстан № 1304 А.Аимбетову присвоен статус космонавта Республики Казахстан. В 2006 году получил второе образование, окончив полный курс Жетысуского государственного университета им. И. Жансугурова, физико-математический факультет, по специальности «физика и информатика».
