Государственный природный заповедник "Джугджурский" был создан 10 сентября 1990 года постановлением СМ РСФСР № 355.
Заповедник находится на побережье Охотского моря, охватывая хребет Джугджур, являющийся водоразделом бассейнов Тихого и Северного Ледовитого океанов. Также в заповедник входит часть акватории Охотского моря и несколько островов. Административно Джугджурский заповедник находится в Аяно-Майском районе Хабаровского края.
Заповедник создан для охраны ненарушенных горно-таежных ландшафтов Приохотья с присущей им флорой и фауной, а также морских экосистем юга Охотского моря и морских млекопитающих, мест пролетных скоплений птиц.
Площадь 859 956 га, из них 53 700 га - акватория Охотского моря.
Количество кластеров 3 ("Джугджурский" на хр. Джугджур с прилегающей акваторией, "Прибрежный" на хр. Прибрежный с прилегающей акваторией, "Мальминские острова" с прилегающей акваторией).