Государственный заповедник "Большая Кокшага" создан 14 марта 1993 года Постановлением Правительства РФ № 220. До этого на территории Марий Эл был другой заповедник - Марийский, полностью выгоревший в жаркое сухое лето 1972 г.
Заповедник расположен на территории двух административных районов Республики Марий Эл - Килемарского и Медведевского, в 40 км к западу от Йошкар-Олы.
Заповедник создан для охраны лесных экосистем на границе южно-таежных и широколиственных лесов.
Площадь 21 405 га.